Hiili todellakin kiertää sekä eläin- että kasvituotannossa. Yhteyttävät kasvit ottavat hiiltä ilmasta, ja tuotantokasvien kautta tämä hiili päätyy joko eläinten rehuksi tai suoraan ihmisten ravinnoksi. Eläintuotannosta hiili siirtyy ihmisille lihan, kalan, maidon ja munien muodossa. Ympäristövaikutusten arvioinnissa tämä niin sanottu biogeeninen hiili tulkitaan ”lyhytkiertoiseksi” (eli se palaa nopeasti takaisin ilmakehään, mistä se on myös peräisin) eikä sitä sen vuoksi lasketa kasvihuonekaasupäästöksi eläin- eikä kasvituotannossa. Ainoastaan tilanteissa, joissa kasvien alun perin sitoman hiilen katsotaan muodostavan pitkäaikaisia hiilivarastoja, joko itse kasveissa tai maaperässä, tämän hiilen vapautuminen lasketaan kasvihuonekaasupäästöksi. Näin tapahtuu esimerkiksi silloin, jos metsää raivataan maatalousmaaksi. Tällöin kasvillisuuden ja maaperän hiilivarastot osittain vapautuvat ilmakehään muodostaen osan maataloudelle maankäyttösektorin kautta kohdentuvista kasvihuonekaasupäästöistä.
Kasvien sitoma biogeeninen hiili voi myös muuttua metaaniksi (jolla on hiilidioksidia voimakkaampi ilmastoa lämmittävä vaikutus) erityisesti märehtijöiden ruoansulatuksessa, ja tässä tapauksessa se myös katsotaan kasvihuonekaasuksi. Metaanin lisäksi maataloudesta aiheutuviksi kasvihuonekaasupäästöiksi lasketaan kasvilannoitteiden käytöstä ja lannan käsittelystä vapautuva dityppioksidi (ilokaasu), joka on erittäin voimakas kasvihuonekaasu. Lisäksi päästöjä aiheuttavat lannoitteiden valmistuksessa käytetty fossiilinen energia, peltoviljelyssä käytetyt polttoaineet, eläinsuojissa käytetty sähkö- ja lämpöenergia sekä maataloustuotteiden prosessointi, kuljetus ja varastointi.
Yleisesti eläintuotannossa merkittävä osa päästoista liittyy rehukasvien tuottamiseen. Tämä onkin yksi syy, miksi eläintuotteiden päästöt ovat suuria kasvituotteisiin verrattuna. Koska eläimet käyttävät suuren osan rehukasveihin varastoituneesta energiasta ja ravinteista elintoimintojensa ylläpitoon, pienempi osuus näiden kasvien sisältämästä ravinnosta siirtyy lopulta ihmisten käyttöön verrattuna tilanteeseen, jossa tämä ravinto saataisiin suoraan kasviruoasta. Näin ollen eläintuotanto vaati enemmän resursseja saman ravintomäärän tuottamiseen kuin kasvituotanto, ja tämän vuoksi sen aiheuttamat kasvihuonekaasupäästöt ovat myöskin suurempia.
Ruoantuotannon ilmastovaikutuksia tarkastellaan mm. ruokatuotteiden hiilijalanjälkiarvioinneissa. Hiilijalanjäljen laskenta ottaa huomioon kaikki edellä mainitut kasvihuonekaasupäästöt lukuun ottamatta lyhytkiertoista hiiltä. Näissä laskelmissa maaperän hiilidioksidipäästöt ovat usein merkittäviä, mutta myös mahdollisella hiilen sitomisella on tuotteiden hiilijalanjälkeen suuri merkitys ja se pitäisi pystyä ottamaan nykyistä paremmin laskelmissa huomioon. Tätä asiaa tutkitaankin mm. Lukessa tällä hetkellä intensiivisesti.
